En su regreso a 3.ª División en 1979, el Alcorcón logró su mejor clasificación histórica en dicha categoría con un tercer puesto. Tras un fugaz paso por 3.ª División, el Alcorcón volvería a Regional para regresar otra vez a 3.ª División en 1979. Al ascenso de ese año se le unió el subcampeonato de España de Juveniles, equipo que dirigía un emblema de la entidad, José Díaz Pablo, y que cayó en la final ante el Barcelona.